16 июля 1652 года в Москву из Соловецкой обители были перенесены мощи святителя Филиппа, Митрополита Московского и всея России чудотворца.
Игуменство святителя Филиппа в Соловецком монастыре продолжалось 18 лет, считая со дня поставления и до призвания на Всероссийскую митрополию. 
Духовная жизнь в обители при нем процветала – четверо его ближайших учеников были впоследствии причислены к лику святых. Сам игумен часто уходил помолиться в глухое пустынное место за две версты от монастыря, получившее впоследствии название Филипповой пустыни.
Игумену Филиппу Соловки обязаны обретением своих святынь – образа  Богородицы, принесенного на остров основателем монастыря преподобным Савватием, каменного креста, стоявшего когда-то перед его кельей, Псалтири и ризы первого Соловецкого игумена преподобного Зосимы.
При нем в монастыре был принят новый устав, построены два храма – Успенский  и Преображенский, на стройке которых игумен Филипп и сам работал каменщиком и даже могилу себе приготовил – под северной папертью Преображенского собора, рядом с могилой своего наставника, старца Ионы.
Трагически оборвалась жизнь Предстоятеля Русской Церкви, посмевшего открыто обличать беззакония, творимые опричниками царя Ивана Грозного. 
Свою смерть святой предвидел за три дня и причастился Святых Тайн. Его похоронили в Тверском Отрочь монастыре, за алтарем храма. Позже мощи святителя перенесли в Соловецкую обитель, а оттуда – в Москву. Сейчас рака со святыми мощами Митрополита Филиппа находится в Успенском соборе Московского Кремля.
В дорогих его сердцу Соловках, когда при советской власти они превратились в Соловецкий лагерь особого назначения, узник, митрополит Новосибирский Варфоломей (Городцев), составил святителю Филиппу акафист. 
Помолимся и мы словами акафиста: 
«Радуйся, чудес велиих совершителю.
Радуйся, о скорбех земнаго отечества твоего милостивый пред Богом печальниче.
Радуйся, яко тобою Соловецкая обитель славится.
Радуйся, яко тобою град Москва и вся Россия украшается.
Радуйся, святителю Христов Филиппе, исповедниче великий и преславный чудотворче».