Основан в 1591 году царем Федором Иоановичем по случаю победы над крымским ханом Гиреем. Монастырь стоит на том месте, где русское войско ожидало неприятеля и где в походной церкви царь молился перед Донской иконой Божией Матери. По преданию, эта была та самая икона, которой преподобный Сергий Радонежский благословил Дмитрия Донского на Куликовскую битву. После молитв к Пресвятой Богородице татары без видимых причин в панике бежали с поля боя.
В ХVI веке монастырь получает статус царского богомолья, по большим церковным праздникам сюда устраиваются крестные ходы из Москвы. К началу ХIХ века Донской монастырь становится самой богатой и влиятельной обителью России, хранителем бесценного собрания святынь и церковных реликвий.
После революции в стенах монастыря был заточен святитель Тихон, чья стойкость в годы большевистских гонений на Церковь вдохновили его паству на последующий подвиг исповедничества и мученичества. Святые мощи патриарха Тихона, обретенные в 1992 году, хранятся в Большом соборе монастыря. Здесь же в местном ряду иконостаса находится главная святыня обители – Донская икона Божией Матери кисти Феофана Грека.
На территории некрополя похоронены многие известные люди России, в том числе дед и бабушка А.С.Пушкина.