Первый в Москве монастырь, основанный около 1282 года младшим сыном Александра Невского – Даниилом Московским в честь своего небесного покровителя преподобного Даниила Столпника. После двух веков запустения возрождён Иваном Грозным в 1560 году.
Данилов монастырь был важным звеном обороны южных рубежей Москвы. В 1591 году у его стен потерпели поражение войска крымского хана Казы-Гирея.
На монастырском кладбище были похоронены многие выдающиеся деятели культуры: Н.В.Гоголь, В.Г.Перов, Н.Г.Рубинштейн.
В советское время на территории монастыря находился детоприёмник, куда направляли детей расстрелянных на Бутовском полигоне. В колонии дети болели и массово умирали. На месте их захоронения уже в наши дни возведена часовня.
Подверглись гонениям и монахи обители. Большинство из них были расстреляны в 1937 году. Мощи последнего духовника монастыря преподобноисповедника Георгия (Лаврова) ныне покоятся в Покровской церкви обители.
В девяти монастырских храмах собрано множество святынь. Это частицы мощей самого Даниила Московского, благоверного князя Александра Невского, преподобных Сергия Радонежского и Серафима Саровского, великомученика и целителя Пантелеимона, блаженной Матроны Московской и других святых.
Самым древним из сохранившихся образов является Владимирская икона Божией Матери с акафистом.
На территории Данилова монастыря находятся Резиденция Святейшего Патриарха и Священного Синода, а также Отдел внешних церковных связей Московского Патриархата.