Обитель основана в 1635 году царем Михаилом Федоровичем в память своего родителя Патриарха Филарета, скончавшегося в праздник Покрова Пресвятой Богородицы. Первоначально обитель была мужская.
С 1870 года при монастыре действовал миссионерский институт для монашествующих, желающих отправиться с просветительской миссией в другие страны. При Покровском монастыре было крупнейшее в Москве кладбище, уничтоженное советскими властями в 30-х годах прошлого века.
С 1994 года монастырь действует как женский. Здесь хранится рака с мощами великой угодницы Божией – святой Матроны Московской, а также чудотворная икона Божией Матери «Взыскание погибших» – келейный образ блаженной Матроны, написанный по ее благословению.
Со всех концов земли едут в Покровский монастырь многочисленные паломники со своими бедами и болезнями, получая утешение и исцеление по словам святой: «Все, все приходите ко мне и рассказывайте, как живой о своих скорбях, я буду вас видеть и слышать, и помогать вам…».
