Согласно преданию, Василий Темный (внук Дмитрия Донского), пребывая в плену в Орде, дал обет, что если вернется домой, то построит храм на том месте, откуда увидит Москву. Это случилось 30 ноября 1445 года – в день, когда Церковь празднует память Григория Чудотворца Неокесарийского. Вскоре на пустыре, в районе нынешней Якиманки, где князь увидел белокаменный Кремль, был заложен деревянный храм. Однако, во время пожара церковь сгорела.
Святыня была возрождена во время правления Алексея Михайловича. Церковь получилась настолько красивой, что в народе её стали называть Красной. Долгое время настоятелем храма был духовник царя. В его стенах в 1671 году Алексей Михайлович венчался с Натальей Нарышкиной.
Когда французы вошли в Москву, Наполеон распорядился днем и ночью охранять храм от поджога и разграбления. Бонапарт говорил, что если бы это было возможно, он положил бы церковь на ладонь и перенес в Париж. Французские солдаты сберегли храм, а «советы» закрыли и частично разрушили его. Лишь в 1994 году в церкви возобновились богослужения.
В храме хранятся частицы мощей святителя Григория Неокесарийского, святой Матроны Московской, целителя Пантейлемона, Григория Богослова, Димитрия Солунского, святых отцов Киево-Печерских, а также частица Креста Господня.
