Храм свв. Михаила и Феодора Черниговских посвящён русским святым – черниговскому князю Михаилу Всеволодовичу и его боярину Феодору, убитых в 1246 году в Орде по приказу хана Батыя за то, что отказались поклониться языческим идолам. Сразу после смерти Михаил и Федор стали почитаться как святые. Сначала их мощи хранились в Чернигове, а затем были перенесены в Москву.
На месте, где встречали мощи мучеников перед въездом в город, была выстроена церковь в стиле русского узорочья. Долгое время здесь хранилась икона «Ветхозаветная Троица», написанная мастерами Оружейной палаты около 1677 года. После революции, когда храм закрыли, икона была передана в Третьяковскую галерею.
В древности на месте церкви Усекновения главы Иланна Предтечи находился Ивановский монастырь, где женщины из великокняжеского рода молились о благополучных родах. В 1530 году монастырь был перенесён ближе к государеву двору, на холм, который стал называться Ивановской горкой. Но деревянная Иоанновская церковь осталась.
В конце ХVII века она была выстроена в камне. Спустя стол лет в архитектурном храмовом ансамбле появилась нарядная трапезная и высокая колокольня, которая стала третья в Москве по «своему чину». В большие праздники первой начинала звон колокольня Ивана Великого, потом звонили колокола Василия Блаженного, а третьими вступали звонари храма Усекновения главы Иоанна Предтечи.
В наши дни храм, как и стоящая по соседству церковь Черниговских чудотворцев, является Патриаршим подворьем. Здесь размещается Общецерковная аспирантура и докторантура имени св. равноапостольных Кирилла и Мефодия.
