Был возведен москвичами напротив Кремля в конце ХV века в честь победы над Новгородом и назван по имени главного храма покоренного города. В страшном пожаре 1493 года самый первый храм сгорел. На месте пожарища был разбит государев сад, а по соседству возникла слобода садовников, которые в 1682 году возродили Софийский храм в камне.
Величественная колокольня на Софийской набережной с храмом в честь иконы Божией Матери «Взыскание погибших» появилась лишь 1868 году и была частью грандиозного градостроительного проекта «Москва - Третий Рим», но этим планам не суждено было сбыться.
После революции храм в Садовниках стал одним из главных духовных центров Москвы. В 20-х годах здесь возникло сестричество, взявшее на себя заботу о голодных и нищих.
В то время, когда в Москве повсеместно закрывались церкви, в Софийском храме шли реставрационные работы - он был практически расписан заново. Но в 1929 году настоятеля храма отца Александра Андреева арестовали, а в 1937-м -расстреляли. Отец Александр причислен к лику святых на Архиерейском соборе 2000 года.
После закрытия храма в нем обосновался Союз безбожников, затем появились жилые квартиры. Богослужения возобновились лишь в 2004 году.
