В своем нынешнем виде Афонское подворье существует с 1992 года, когда государство передало Церкви храм святого великомученика Никиты. Эта церковь была построена в ХVI веке на холме, недалеко от слиянии Москвы-реки и Яузы. По мнению ученых, именно здесь возникли первые поселения, из которых выросла Москва.
До революции подворье Пантелеймонова монастыря располагалось в городской усадьбе на Большой Полянке. В конце XIX – начале XX века подворье возглавил старец-иеросхимонах преподобный Аристоклий, который известен как «подвижник гигантской силы духа» и образец высокой монашеской жизни. Его святые мощи, которые были перенесены из Даниловского монастыря, являются теперь главной святыней подворья. По молитвам к преподобному верующие получают помощь в различных житейских нуждах.
Одна из особенностей подворья – две церкви с одинаковым посвящением во имя Всех Святых Афонских. Богослужения в храмах совершаются по афонскому уставу.
