31 октября 1654 года в Вологде за одни сутки была построена деревянная церковь Всемилостивого Спаса, на месте которой спустя 44 года был возведен Спасский Всеградский собор. Обыденную церковь возвели в качестве духовного подвига во избавление от моровой язвы, свирепствовавшей в Вологде. Тогда же был составлен общественный «Приговор» горожан, согласно которому они брали на себя и своих потомков обязательство вечно хранить храм Всемилостивого Спаса.
Спустя четыре дня после постройки церкви также за один день Иваном Сумароковым была написанная икона Всемилостивого Спаса, ставшая главной святыней храма и всего города. В ее честь ежегодно проводился крестный ход. Еще одной святыней храма была икона Пресвятой Богородицы «От бед страждущих» 1759 года.
Спасо-Всеградский собор стал главным храмом Вологды. В нем принимали присягу выборные руководители города. День постройки церкви и избавления от моровой язвы до революции отмечали в Вологде как главный «всеградский праздник». В этот день совершалось торжественное всенощное бдение. Каждому городскому храму было определено точное время среди ночи, в которое священник вместе со своими прихожанами и певчими являлся в собор и совершал молебен. Позднюю литургию в соборе служил архиерей с сонмом духовенства. По окончании литургии совершался крестный ход.
С 14 сентября 1898 года по 7 сентября 1900 года священником Спасского собора служил Николай (Караулов), в будущем епископ Вельский, викарий Вологодской епархии, причисленный к лику святых Русской Православной Церковью в 2000 году.
В 1921 году из собора вынесли все ценности (под видом помощи голодающим) и закрыли. После этого устроили в здании храма дом искусств, а затем кинотеатр. В сентябре 1972 года храм снесли. В 2004-м на его месте поставили Поклонный крест, украшенный барельефами вологодских святых. Каждый год 31 октября к этому кресту сходятся на молебен православные люди со всей Вологды.
Господи, прости нас грешных и помилуй!